กรณีประกอบธุรกิจแฟนไชส์ ปัจจุบันมีสาขาทั้งหมด 3 สาขา ต้องการขายให้บริษัท A จำนวน 1 สาขาราคาขาย 5 ล้านบาท มีภาระภาษีดังต่อไปนี้

1. ภาษีเงินได้
คุณสุรนารื ไม่ได้แจ้งไปว่าประกอบธุรกิจในสถานภาพใด บุคคลธรรมดาหรือบริษัทฯ ก็ขอเดาว่าเป็นบริษัทฯ (ผิดถูกไม่ว่ากันนะ!!!)
ตามข้อมูลที่แจ้งสาขานี้ลงทุนไป 7 ล้านเปิดมาได้ 2 ปี ต้องการขายไปในราคา 5 ล้านบาท
ดูจากภาพรวมเห็นได้ว่า ขายขาดทุน แต่ในทางปฏิบัติ ต้องแยกระหว่างการขายทรัพย์สินที่เป็นสังหาริมทรัพย์ กับอสังหาริมทรัพย์ (ถ้ามี) ทรัพย์สินเหล่านั้น ได้คำนวณค่าสึกหรอและค่าเสื่อมราคา แล้วนำไปหักเป็นรายจ่ายในการคำนวณกำไรสุทธิแล้วเป็นจำนวนเท่าใด คงเหลือเท่าใด ณ วันโอนขายให้บริษัท A
กรณีมีกำไรให้นำไปรวมเป็นรายได้เพื่อเสียภาษีเงินได้นิติบุคคลต่อไป
กรณีขาดทุน โดยทั่วไป ผลขาดทุนจากการขายทรัพย์สินถือเป็นรายจ่ายในการดำเนินงานได้ แต่มักถูกสรรพากรเรียกถามว่า เป็นไปตามราคาตลาดตามมาตรา 65 ทวิ (4) แห่งประมวลรัษฎากร หรือไม่

2. ภาษีมูลค่าเพิ่ม
2.1 การโอนกิจการบางส่วน ต้องแจ้งรายการทะเบียนตามแบบ ภ.พ.09 ล่วงหน้าไม่น้อยกว่า 15 วัน ก่อนวันโอนตามมาตรา 85/13 แห่งประมวลรัษฎากร ดังนี้
"มาตรา 85/13 ผู้ประกอบการจดทะเบียนใดประสงค์จะโอนกิจการบางส่วนหรือทั้งหมด ให้ผู้ประกอบการจดทะเบียนนั้น แจ้งการโอนกิจการและการเปลี่ยนแปลงรายการทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่มถ้ามี หรือแจ้งการโอนและแจ้งการเลิกประกอบกิจการตามมาตรา 85/15 แล้วแต่กรณี ตามแบบที่อธิบดีกำหนด ณ สถานที่ที่ได้จดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่มไว้ก่อนวันโอนกิจการไม่น้อยกว่าสิบห้าวัน
(ดู ประกาศอธิบดีกรมสรรพากร เกี่ยวกับภาษีมูลค่าเพิ่ม (ฉบับที่ 65))
(ดู ประกาศอธิบดีกรมสรรพากร เกี่ยวกับภาษีมูลค่าเพิ่ม (ฉบับที่ 131))
ในกรณีที่ผู้รับโอนกิจการเป็นผู้ประกอบการจดทะเบียน ให้ผู้รับโอนแจ้งการรับโอนกิจการและการเปลี่ยนแปลงรายการทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่มถ้ามี ณ สถานที่ที่ผู้รับโอนได้จดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่มไว้ไม่น้อยกว่าสิบห้าวันก่อนวันรับโอนกิจการ และในกรณีที่ผู้รับโอนไม่ใช่ผู้ประกอบการจดทะเบียน ให้ผู้รับโอนยื่นคำขอจดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่มไม่น้อยกว่าสิบห้าวันก่อนวันรับโอนกิจการ และเมื่อได้ยื่นคำขอแล้วให้ผู้รับโอนประกอบกิจการดังกล่าวต่อเนื่องไปพลางก่อนได้
ให้นำมาตรา 85/15 วรรคสองมาใช้บังคับในกรณีที่เป็นการโอนกิจการทั้งหมด"
2.2 บริษัทฯ ต้องออกใบกำกับภาษีสำหรับการโอนกิจการบางส่วน โดยถือเป็นการขายสินค้า (ในส่วนของทรัพย์สินที่เป็นสังหาริมทรัพย์) ตามมาตรา 77/1 (8) และ (9) แห่งประมวลรัษฎากร เมื่อมีการส่งมอบทรัพย์สินหรือรับชำระราคา แล้วแต่อย่างใดจะเกิดขึ้นก่อน ทั้งนี้ โดยใช้ราคาตลาดตามมาตรา 79/3 แห่งประมวลรัษฎากร

3. ภาษีธุรกิจเฉพาะ
ให้บริษัทฯ เสียภาษีธุรกิจเฉพาะ สำหรับการขายอสังหาริมทรัพย์ โดยยื่นแบบ ภ.ธ.40 ในขณะที่มีการจดทะเบียนสิทธิและนิติกรรมตามกฎหมายที่ดิน ตามมาตรา 91/10 วรรคห้า แห่งประมวลรัษฎากร ในอัตรา 3.3% ของราคาขาย