กรณีบริษัทฯ เป็นผู้ประกอบการจดทะเบียนขายสินค้าเพียงอย่างเดียว ซึ่งมีการขายสินค้าทั้งในประเทศ ซึ่งเป็นรายได้จากกิจการที่อยู่ในข่ายต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม (VAT: In to In) และการขายสินค้าในต่างประเทศ (ไม่มี VAT) โดยการขายต่างประเทศนั้น มีการส่งสินค้าจากประเทศผู้ผลิตไปยังประเทศลูกค้าโดยตรง ไม่ได้นำเข้ามาในประเทศแล้วส่งออกไป (รายได้จากการขายสินค้าไปต่างประเทศ ประมาณ 2 ใน 3 ของรายได้ทั้งหมด) ซึ่งถือเป็นรายได้ที่ไม่อยู่ในข่ายที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม (Non VAT: Out to Out/ Out of Scope VAT)
เช่นนี้ สำหรับภาษีซื้อที่เกิดจากค่าใช้จ่ายต่างๆ ของกิจการ เช่น ค่าใช้บริการโปรแกรมคอมพิวเตอร์ หรือค่าเช่าสำนักงาน ซึ่งเป็นภาษีซื้อที่ใช้ร่วมกันทั้งกรณีกิจการที่อยู่ในข่ายต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม (ขายในประเทศ) และกิจการที่ไม่อยู่ในข่ายต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม (ขายในต่างประเทศ Out of VAT Scope) ไม่ต้องนำมาเฉลี่ยตามสัดส่วนของยอดขายก่อน แล้วนำมาใช้เพียงบางส่วน แต่อย่างใด ทั้งนี้ ตามข้อ 4 ของประกาศอธิบดีกรมสรรพากร เกี่ยวกับภาษีมูลค่าเพิ่ม (ฉบับที่ 29) ดังต่อไปนี้
“ข้อ 4 รายได้ตามข้อ 2 และข้อ 3 หมายความว่า
(1) รายได้ของกิจการประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม หมายความว่า มูลค่าของฐานภาษีของกิจการประเภทที่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม เว้นแต่มูลค่าของฐานภาษีของกิจการให้บริการขนส่งระหว่างประเทศโดยอากาศยานหรือเรือเดินทะเล ในกรณีรับขนคนโดยสาร ให้หมายความรวมถึงมูลค่าของค่าโดยสาร ค่าธรรมเนียม และประโยชน์อื่นใดที่เรียกเก็บ นอกราชอาณาจักรก่อนหักรายจ่ายใด ๆ เนื่องในการรับขนคนโดยสารด้วยหรือในกรณีรับขนสินค้าให้หมายความรวมถึงมูลค่าของค่าระวาง ค่าธรรมเนียม และประโยชน์อื่นใดที่เรียกเก็บไม่ว่าในหรือนอกราชอาณาจักรก่อนหักรายจ่ายใด ๆ เนื่องในการรับขนสินค้าเข้าในราชอาณาจักรด้วย
(2) รายได้ของกิจการประเภทที่ไม่ต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่ม หมายความว่า มูลค่าของฐานภาษีของกิจการประเภทที่ได้รับยกเว้นภาษีมูลค่าเพิ่ม รายรับของกิจการประเภทที่ต้องเสียภาษีธุรกิจเฉพาะ และรายรับของกิจการประเภทที่ได้รับยกเว้นภาษีธุรกิจเฉพาะ และให้หมายความรวมถึงรายรับสำหรับการขายสินค้า การให้บริการ หรือการนำเข้าสินค้าที่อยู่ภายใต้บังคับมาตรา 22 มาตรา 23 และมาตรา 26 มาตรา 27 มาตรา 28 มาตรา 29 และมาตรา 30 แห่งพระราชบัญญัติแก้ไขเพิ่มเติมประมวลรัษฎากร (ฉบับที่ 30) พ.ศ. 2534 ”
(แก้ไขเพิ่มเติมโดยประกาศอธิบดีกรมสรรพากร เกี่ยวกับภาษีมูลค่าเพิ่ม(ฉบับที่ 67) ใช้บังคับ 1 มกราคม 2535 เป็นต้นไป)
“รายได้ตามวรรคหนึ่งไม่รวมถึง
(ก) รายได้ที่เกิดขึ้นจากกรณีผู้ประกอบการจดทะเบียนนำเงินไปหาประโยชน์โดยการฝากธนาคาร ซื้อพันธบัตรหรือหลักทรัพย์ หรือซื้อตั๋วเงินของสถาบันการเงินอื่น แต่ทั้งนี้ไม่ใช้บังคับสำหรับการประกอบกิจการตามมาตรา 91/2(1)(2) และ (3) แห่งประมวลรัษฎากร
(ข) รายได้ดอกเบี้ยที่เกิดขึ้นจากกรณีผู้ประกอบการจดทะเบียนมีการกู้ยืมเงินกันเองในระหว่างบริษัทในเครือเดียวกัน
คำว่า "บริษัทในเครือเดียวกัน" หมายความว่า บริษัทหรือห้างหุ้นส่วนนิติบุคคลตั้งแต่สองนิติบุคคลขึ้นไปซึ่งมีความสัมพันธ์กันโดยบริษัทหรือห้างหุ้นส่วนนิติบุคคลใดถือหุ้นหรือเป็นหุ้นส่วนอยู่ในบริษัทหรือห้างหุ้นส่วนนิติบุคคลอีกแห่งหนึ่งไม่น้อยกว่าร้อยละ 25 ของหุ้นทั้งหมดที่มีสิทธิออกเสียงในบริษัทหรือห้างหุ้นส่วนนิติบุคคลนั้น เป็นเวลาไม่น้อยกว่าหกเดือนก่อนวันที่มีการกู้ยืม
(ค) รายได้ดอกเบี้ยที่เกิดขึ้นจากกรณีผู้ประกอบการจดทะเบียนซึ่งเป็นบริษัทหรือห้างหุ้นส่วนนิติบุคคลมีระเบียบเกี่ยวกับเงินกองทุนสะสมพนักงานหรือทุนอื่นใดเพื่อพนักงาน และบริษัทหรือห้างหุ้นส่วนนิติบุคคลได้นำเงินกองทุนนี้ออกให้พนักงานที่เป็นสมาชิกกู้ยืมเป็นสวัสดิการ
(ง) รายได้ที่เกิดขึ้นจากกรณีผู้ประกอบการจดทะเบียนมีการประกอบกิจการประเภทที่ไม่อยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 77/2 แห่งประมวลรัษฎากร”
(แก้ไขเพิ่มเติมโดยประกาศอธิบดีกรมสรรพากร เกี่ยวกับภาษีมูลค่าเพิ่ม(ฉบับที่ 153) ใช้บังคับ 1 มกราคม 2546 เป็นต้นไป)

ตามข้อกล่าวอ้างของเจ้าหน้าที่สรรพากร ที่อ้างถึง ประกาศอธิบดีกรมสรรพากร เกี่ยวกับภาษีมูลค่าเพิ่ม (ฉบับที่ 29) และคำสั่งกรมสรรพากร ที่ ป. 89/2542 เป็นข้ออ้างที่ไม่ถูกต้อง ตามหลักเกณฑ์ที่กฎหมายกำหนดดังได้กล่าวข้างต้น